Рельеф территтории представляет собой полого-волнистую равнину с абсолютными высотами в пределах 100 -115 метров. Характерной чертой рельефа является чередование слабо выраженных возвышенностей в виде "грив", тянущихся, как правило, с востока на запад, с межгривными понижениями, занятыми увлажненными заболоченными, или солончаковыми остепненными лугами, а в более глубоких котловинах – блюдцеобразными озерами.

На территории заказника расположено более 50 озер общей площадью 2589 га. Из них основные: Табисс (539 га), Б. Щучье (404 га), Песчаное (178 га), Белое (175 га), Б. Ильган (159 га), не считая системы озера Чаны. Берега почти всех озер пологие, окаймлены полосами осоковых или тростниковых болот. На мелководьях водная растительность представлена  многолетними  гребенчатым и нитевидными водорослями (рдестом). Основным гидрологическим объектом является озеро  Чаны. Самое крупное займище - Щучьи озера площадью 7,5 тыс. га. Общая площадь водно-болотных угодий составляет 35,3 тыс. га.

Заказник имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления редких и исчезающих видов растений и животных, в том числе ценных видов в хозяйственном, научном и культурном отношениях. Озёрная система "Чаны", участок "Урочище Щучьи озёра", включая комплекс озёр государственного заказника "Кирзинский", входят в состав водно-болотных угодий международного значения. Озеро Чаны играет важную роль в миграции многих видов водоплавающих, во время которой на его акватории концентрируется до 250 видов птиц. На территории заказника обитают многие лесные виды животных: лось, косуля сибирская, заяц-беляк, барсук, лисица обыкновенная, колонок, горностай, рысь, а также жители степных районов: корсак, светлый хорёк, тушканчики и другие. Из птиц, наряду с белой куропаткой и тетеревом, встречаются кречетка, перепел и прочие. Многие животные, отмеченные в Кирзинском заказнике, занесены в Красные книги Российской Федерации и Новосибирской области: красноносый нырок, малая выпь, беркут, белая сова, большая белая цапля.

Основная по площади часть заказника представлена типичной для средней полосы Барабы лесостепной растительностью  с мозаичным чередованием березово-осиновых колков, разнотравных межколочных, остепненных и солончаковых лугов, хлебных, преимущественно пшенично-овсянных, полей и залежей. Большую площадь занимают  тростниково-сплавные займища. Леса здесь составляют 13%.

 Засоленные почвы называют солончаками. Солончаки – характерная особенность юго-западной Барабы. Эти почвы непригодны для сельского хозяйства. Солончаковые дороги – мучение для водителя. Даже после небольшого дождя ехать по ним почти невозможно.

Яркий пример солончака – урочище Мочан, находящееся в Баганском районе. Это - дно высохшего соленого озера. Мочан – уголок настоящей полупустыни с уникальной, для нашей области, растительностью. Природа урочища своеобразна и неповторима. Особенно красив растительный ковёр осенью, когда соляная растительность из зелёной становится бордовою, и обширное пространство солончака напоминает марсианскую пустыню. Некоторые виды солончаковых растений продолжают цвести даже в конце сентября. Несмотря на свой пустынный вид, солончаки часто посещаются различными животными. Здесь можно встретить остромордую лягушку, увидеть следы пребывания гусей, чаек, отпечатки лапок лис и копыт косуль. В Барабе много низинных болот – мест, где  скапливаются талые, дождевые и грунтовые воды. В таких местах процветают болотные и луговые растения, выводят своё потомство многие птицы, например, чибисы. Кроме низинных болот, на севере Барабы встречаются и верховые болота – рямы. Рямы – это рекликтовые островки северной Васюганской природы, "проникшие" в лесостепь. Для рямов характерны заросли ароматного багульника, сосняк, мох-сфагнум, клюква, брусника. Очень красивы задумчивые рямовые озёра. На верховых болотах берут начало многие реки Барабы. Рямы – место обитания типично таёжной птицы – рябчика. Гуськовский, Шерстобитовский, Филимоновский рямы, находящиеся в Чулымском районе, имеют статус памятников природы Новосибирской области. Повсюду в степи можно встретить различных животных, многие из которых устраиваются жить в почве. Здесь жилища трудолюбивых муравьёв,  самого крупного сибирского паука – тарантула,  глубокие норы степной лисы - корсака. У многих степных зверьков, например, у пеструшки, потомство появляется под землёй. С наступлением ночи обитатели нор выходят наружу в поисках пропитания. На юге Барабы встречается ушастый ёж. Этот интересный полупустынный вид ежа занесён в Красную книгу области. Есть в степи животные, которые никогда не покидают своих нор. Одно из них – слепушонок. Пища этого грызуна – корни растений. Для того, чтобы хорошо поесть, нужно хорошо поработать. Отработанный грунт слепушонок выбрасывает из норы наружу. На открытых степных участках часто встречаются суслики. Они тоже не любят далеко отходить от своих жилищ. И в случае малейшей опасности скрываются в норах. Человек издавна пользуется природными богатствами Барабы. Ещё с 19 века популярен в Сибири курорт «Озеро Карачи». В настоящее время архитектурный облик курорта соединяет в себе современность с прошлым. Озеро Карачи – именно оно дало жизнь курорту. По берегам озера залегает лечебная грязь. Она вязкая, солёная, обладает разнообразными оздоравливающими свойствами. Грязь образуется в результате жизнедеятельности особых рачков-артемий, населяющих солёную воду Карачей. На озере построена специальная купальня, здесь люди обмазывают себя целебной грязью, купаются и загорают. Уникальное сочетание природных лечебных факторов ежегодно позволяет сотням людей поправлять на курорте своё здоровье. Наибольшую известность курорт получил благодаря знакомой всем Карачинской минеральной воде. Эту воду, богатую полезными для организма веществами, добывают из скважины с глубины более километра.