На сегодняшний день это самый большой заказник из всех существующих в Сибирском Федеральном округе общей площадью 119, 8 га, включающий в себя часть территорий Барабинского и Чановского районов Новосибирской области.

Государственный природный заказник федерального подчинения «Кирзинский» создан 12 сентября 1958 года Приказом Главного управления по охотничьему хозяйству и заповедному делу при Совете Министров РСФСР, № 214. В 2010 году заказник становится филиалом заповедника «Саяно-Шушенский», который входит в состав Министерства природных ресурсов.

В угодьях особо охраняемой природной территории сосредоточена крупнейшая в Западной Сибири популяция лося и косули, а также значительная зимняя стоянка дикого кабана. Ландшафтное однообразие данного района обуславливает бедность фауны в зимний период. Большие площади водной поверхности за счёт многочисленных озер и болот представляют зимой бескрайнюю заснеженную равнину, где жизнь относительно крупных животных проходит в займищах тростника, немногочисленных зарослях ивы и в тех небольших лесных островках из березы и осины, которые разбросаны по всей средней и южной лесостепи Барабинской низменности. С приходом весны, благодаря огромной водной поверхности, резко возрастает количество водоплавающих, населяющих данный район. В весеннее время здесь обитает около 80 видов млекопитающих и почти 350 видов птиц. К охотничьим животным относятся 19 видов зверей и 42 вида птиц, некоторые из них, в настоящее время, включены в Красную книгу Российской Федерации и Новосибирской области.

На территории заказника благоприятные условия для обитания многих видов птиц, особенно чаек, крачек, куликов, уток, гусей, журавлей и лебедя-кликуна. В связи с этим, данный регион служит местом сосредоточения большого количества птиц в разные периоды их жизненного цикла.

В «Кирзинском» расположено более 50 озер (Большое и Малое Щучьи озера, озеро Белое, Лопушное, Большой и Малый Илган и др), а также северная акватория озера Чаны. Они, согласно Рамсарской конвенции (Иран, 1971 г.), отнесены к водно-болотным угодьям международного значения. И с 1994 года включены в список находящихся в России водно-болотных угодий.

Озеро играет важную роль для миграции многих видов водоплавающих птиц. Из редких видов птиц на озере отмечены савка, краснозобая казарка, азиатский бекасовидный веретенник, кречетка, шилоклювка, ходулочник, черноголовый хохотун, чеграва, степная тиркушка, беркут, орлан-белохвост, кудрявый пеликан. На озере наблюдаются значительные скопления водоплавающих в периоды миграции и линьки. Во время миграции и гнездования на озере концентрируется до 300 видов птиц.

В истории заказника были сложные времена, тяжелые испытания. В 1990 годы, вплоть до 2010, были сокращены на 70 % возделываемые пахотные земли на территории заказника. В итоге, мигрирующие птицы изменили свои традиционные маршруты, и в результате – существенно снизилось их количество. Это,также, сказалось на поголовье диких парнокопытных, поголовье которых резко снизилось. Численность лося и сибирской косули в это время достигла критически низких значений. В результате сокращения инспекторского состава, эффективность охраны заказника снизилась.

За время существования заказника «Кирзинский», в нём неоднократно происходили ведомственные и структурные изменения. В 2010 году произошло присоединение Кирзинского заказника к биосферному заповеднику «Саяно-Шушенский», это существенно повлияло на его развитие. 2011 году было сформировано новое охранное подразделение заказника из состава федеральных инспекторов, объем бюджетного финансирования заказника вырос, создана эффективная система охраны водной и сухопутной территорий, обновлена материально-техническая база, восстановлена кормовая  заповедная территория, через разработку и реализацию биотехнической программы. Это значительно увеличило популяции лося, косули и кабана. К осени 2012 г. в угодьях заказника насчитывалось уже более 1400 косуль, почти 100 лосей и более 2000 тетеревов. Покой на водоемах заказника способствовал увеличению массовых гнездовий и хорошему количественному приросту водоплавающих. Действующая система обеспечила полный контроль и хорошие экономические перемены в заказнике.

Сейчас в нём, по данным зимних маршрутных учётов, обитает: более 1700 косуль, свыше 250 лосей, более 100 особей дикого кабана. Ежегодно на кормовых территориях заказника в весенний и осенний периоды наблюдается концентрация многочисленных представителей орнитофауны. В районе бывшего населенного пункта Новокрасулино уникальное скопление серого журавля, более 3000 особей.

Федеральный заказник «Кирзинский» является основной воспроизводственной биологической матрицей для северных природных территорий Казахстана, Новосибирской, Омской, Томской областей и других территорий Западной Сибири.