С началом войны вагонное депо стало специализироваться на ремонте военно-санитарных поездов, прибывающих с фронта с ранеными бойцами в сибирские госпитали. Ремонт этих поездов всегда был тяжелым, так как часто эти поезда попадали под бомбежки. Этими работами руководили: мастер В. Трабницкий, бригадиры А. В. Жуков и А. А. Ляшко.

Подъем вагонов производился в цехе планового ремонта вагонов вручную винтовыми домкратами, не было ни одной кран-балки, перекрытия держались на столбах, которые уберут после войны и одновременно наростят стены.

Из воспоминаний Голишева Михаила Алексеевича: «До 1943 года я учился в 6 классе. Затем к нам в класс пришли представители от вагонного депо, нас, подростков спрашивали: «Не хотите ли помочь фронту?». Конечно, мы хотя и были дети, но понимали, что наш труд очень нужен, потому что не хватало рабочих рук. Вызывали нас по одному, предлагали работу. Мне в ту пору было 13, но я выглядел по росту хорошо, мне предложили в вагонном депо ремонтировать военно-санитарные поезда, которые проходили через нашу станцию. Я дал согласие работать, сначала учеником слесаря-автоматчика проучился 2 месяца, присвоили 3-й разряд слесаря-автоматчика. Так с апреля 1943 года я стал работать в вагонном депо.

Мы не выходили из цеха, пока не закончим два вагона, порой до 12 ночи с 8 утра, так каждый день. А питание - картошка и капуста, у кого были, а то и этого не хватало. А работа была очень тяжелая, все делалось вручную. Приходилось ставить тормозные колодки, они весят 16 кг, а поднять нужно на вытянутой руке. Так мы - по двое, а другой раз и - втроем еле ставили…С нашей одежды мазута текла, а после работы был душ, но не было мыла, кто чем, даже глиной отмывали руки. В ту пору нас, подростков, в нашем цехе было человек пятнадцать, таких как я. Это Шахов Иван Ефимович, Асанов Петр Григорьевич, Пупков Володя, Зиновьев Вася, Герасимов Витя, Лешко Федор, Петров Боря и другие».

Так как не хватало поковок, болтогаечных изделий, шайб, букс, уже 9 июля 1941 года начальником Томской железной дороги был издан приказ № 123/Н «Об организации общественного производства запасных частей и деталей в депо Томской ж. д.», в котором сообщалось: "…обязать паровозное депо ст. Болотная производить для 3-го вагонного участка кузнечные поковки, требующие обработки под молотом, а при вагонном участке организовать литейный цех».

В связи с образованием литейного цеха к вагонному депо в 1941 году были пристроены бытовые помещения, контора (2-й этаж) и кладовые. Руководил новым цехом В. Цветлинский, мастерами были И. Поносеков и И. Н. Шабанов.

Из воспоминаний Василия Георгиевича Голишева: «В начале войны я работал в литейном цехе в должности вагранщика, мастера цеха. Вместе со мной работали Цветлинский В. Р. – начальник цеха, которому пришлось вместе с мастером Шабановым Н. В. строить заново литейный цех в вагонном депо. Цех пустили в эксплуатацию весной 1942 года. работа была для всех новая, было много неполадок. В цех пришли молодые девушки, не знакомые с литейным делом и их приходилось обучать. Начальник цеха Цветлинский В. Р. почти не выходил из цеха. Днем шла формовка, а ночью литье. Среди девушек работали Болотова Н., Болотова Л., Морозова, А., Петрова Д., Дроздова Е., Федорова и многие другие. Осенью 1942 года начальником цеха был назначен Поносеков Иван, который много сил и знаний отдал литейному делу, в обучении вновь поступающих кадров и механизации трудоемких работ».

Из воспоминаний Голишевой Татьяны Васильевны: «В 1941 году вынуждена была оставить школу и пойти работать…Мы пришли работать в литейный цех, когда нам было по 16 лет. В литейном цехе работали все подростки. Из взрослых работало только четыре человека, из них два мастера. В дневной смене работало человек 40, в ночной человек 15.

Все работы – формовка, подготовка песка, глин, разгрузка кокса металлолома. Завоз на шихтовую площадку, литье и отгрузка готовой продукции производились вручную. Работали по 12-18 часов, оставались ночевать у складов теплого песка после литья готовой продукции. Ночная смена приступала к работе в 5 вечера и работала до 9 утра.

Мастерами у загранки стояли Голишев Василий и Голишев Яков Дмитриевич. Мне пришлось работать на разливке металла. Носили ковши, наполненные жидким раскаленным металлом, и заливали в опоки. В ковши металл заливался у вагранки…это была очень тяжелая для девушек работа, так как весь раскаленный металл переносили за ночь по 20-25 тонн. Разборщики, обрубщики форм после литья относили литье в заготцех.

Вот эти юные годы мы не знали детства и работали без выходных и отпускных, все было подчинено работе. Для обеспечения тормозного состава мы лили тормозные колодки, колосники для паровозов, болванки для артиллерийских снарядов».

Из воспоминаний Болотовой (Голишевой) Надежды Митрофановны: «В возрасте 15 лет в 1941 году я поступила в плодово-овощной совхоз, деревня Бугринка, где проработала до получения паспорта. Получив паспорт, в 1942 году пришла на работу в вагонное депо в литейный цех рабочей. С 1 марта 1943 года была переведена в пассажирский цех на должность заготовителя, где занималась ремонтом пассажирских санитарных поездов».

Заготовительный цех вагонного депо обеспечивал депо запасными деталями. Здесь работали кузнечный, рессорный, механический цеха, токарное и сварочное отделения, в которых работали кузнецы Великоредько, Кочернин, Белаш, Решетнев, Мелехов, рессорщик Торгашев и другие. Руководил ими С. В. Голишев.

Из воспоминаний Мелехова Виктора Михайловича: «В 1942 году окончил 7 классов в Болотном и поступил в ремесленное училище № 32 на специальность слесарь-лекальщик, в начале 1944 года вернулся в Болотное, где в дистанции пути работал молотобойцем, а потом кузнецом. Когда отца забрали на фронт, где он погиб, я стал самым взрослым мужчиной в семье. Нужны были деньги, чтобы прокормить родных.

Первую неделю работал подсобным рабочим, затем меня перевели на должность молотобойца. Через год перевели в кузнецы. Нас было тогда 8 кузнецов посменно. И если выдержать дневную смену можно было, в конце ночной смены руки поднять не мог. Ведь была не только чудовищная физическая нагрузка, но и постоянный жар…до обеда я выжимал от пота рубаху один раз, а после обеда 2-3. Придешь домой после смены, а рубаха вся белая от соли. Спасались мы только одним способом: каждые 20-30 минут ходили пить воду. Воду нам давали газированную. Рабочая одежда – крепкие ботинки, рубаха с брюками, брезентовый фартук и очки. Цех назывался горячим цехом. Здесь трудились электросварщики и кузнецы.

 В день нам давали поллитра молока «за вредность». Еще давали талоны в столовую, там норма была 200 граммов хлеба да, если повезет, котлетка. Но часто случалось, что сегодня я взял выше нормы, а завтра сиди и корку грызи. Обычно обедали на рабочем месте – что с собой возьмешь, что в столовой перехватишь. В целом, обед кузнеца выглядел так: молоко, картофелины и лук. Причем, картошку брали сырую, а потом на работе в горне пекли…».

Колесным цехом руководил Д. Аксенов. Его работники бригадир Г. Пупков, токари И. Песчинский, А. Быбов, Д. Чеклецов и другие обеспечивали шлифовку шеек, обработку бандажей.

Автоконтрольный цех проводил ремонт тормозных приборов и тормозной аппаратуры. Здесь работали мастер С. Долгушев, бригадир К. Солонко, слесари Е. Очередко, Б. Бабканов, А. Милишников и другие.

Из воспоминаний Рогалевой Марии Яковлевны: «Устроилась в вагонное депо рабочей в пассажирский цех…через несколько месяцев изъявила желание перейти в автоконтрольный цех на разборку распределителей. Это мужская работа, так как распределители имели вес 32 кг. Я успевала подносить их слесарям на сборку. Приходя вечером домой, я думала, что утром не смогу выйти на работу».

Цех по ремонту грузовых вагонов или «больная», как его называли сами рабочие, был самым тяжелым, так как работать приходилось под открытым небом в любую погоду и в любое время года. Цехом руководил И. Киреев. Вагоны поднимали вручную винтовыми домкратами, а колесные пары привозили на тележке, которую катили по узкоколейке, а под вагон катили с помощью веревок и «карандаша» - короткого бруса.

Из воспоминаний Шахова Ивана Ефимовича: «В 1944 году я окончил 7 классов, в декабре 1944 года мне исполнилось 15 лет и я пошел на работу в вагонное депо…Направили меня в цех по ремонту товарных вагонов. Работали мы на улице, рабочий день начинался с 7.30, а с 8 приступали к работе. Тогда время определяли по гудку. В 7 утра был один длинный гудок, в 7.30 два гудка, а в 8 три гудка. Был гудок на обед в 12 часов, снова на работу в 13 и в 17 гудок заканчивал рабочий день. Начинали мы всегда вовремя, даже на планерку не опаздывали, а вот уходить приходилось по-разному…работали мы попарно, заканчивали свой вагон часов в 17, ну, думаешь, сейчас домой пойдем, а тут вдруг везут «больные» вагоны – то букса горит, то брус сломан. А на платформах военные грузы. Мастер говорит: «Ребята, надо сделать, не будет же здесь вагон до утра стоять». И оставались, работали до 20, 22, а иногда и позже заканчивали.

Год я проработал на «больной», а потом меня перевели в пассажирский цех. Тут работать было лучше, в депо. Ремонтировали вагоны санитарных поездов. Работал я в депо в основном с напарником Михаилом Голишевым. Тогда в депо работали слесарями Шахов Иван, Песчинский Иван, Петр Асанов. Трудно было работать на «больной», никакой механизации. Вагоны поднимали ручными домкратами. Каждую деталь надо принести, все тащили на себе».

Работал цех резерва поездных мастеров, обслуживающий поезда на перегоне Болотная-Инская-Новосибирск, руководителями которого были Ильин, Е. И. Дураков, А. В. Полозенок.

С 1944 года начальником вагонного депо станции Болотная был Терещенко Николай Гаврилович, работавший до этого старшим инженером Новосибирского управления Томской железной дороги, заместителем начальника вагонного участка станции Болотная, начальником вагонного участка в Топках. В 1925-1928 годах он учился в Кременчугском техникуме, в 1934 году окончил центральные курсы усовершенствования командного состава вагонных служб по автосцепке, с 1935 года учился заочно в Томском институте инженеров транспорта, но не успел его закончить. Участвовал в войне на Ленинградском фронте в железнодорожных войсках в 1941 году, был начальником поезда, имел звание инженер-майора тяги. В 1944 году ему было присвоено звание директор-подполковик тяги.

Признанием самоотверженного труда работников вагонного депо были приказы начальников военно-санитарных поездов, выносившие благодарность за ремонт при высоком качестве работ.

В Болотнинском историко-краеведческом музее, как пример таких благодарностей, хранится выписка по ВСП-76 (военно-санитарного поезда № 76) от 25 апреля 1944 года: «Сего числа закончился годовой ремонт подвижного состава ВСП-76. Руководство и коллектив ВУ-3 ст. Болотная, сознавая почетную и ответственную задачу, выполняемую ВСП в условиях Отечественной войны, по эвакуации в тыл раненых и больных бойцов и командиров Красной Армии, сознательно, усердно и добросовестно работая на ремонте ВСП, не считаясь с рабочим временем, добиваясь высокого качества и окончания ремонта в кротчайший срок – 9 дней. От имени командования ВСП-76 выношу благодарность ВУ-3 ст. Болотная Терещенко Н. Г., мастеру Голишеву П. А., всему коллективу, работавшему на ремонте ВСП-76. Начальник ВСП-76 Мильштейн».

По воспоминаниям Терещенко, особенно рабочим вагонного депо запомнился ремонт военно-санитарного поезда № 87. Этот поезд, следуя с фронта в тыл с тяжелоранеными, попал под бомбежку. 

Следы немецкого налета увидели работники болотнинского вагонного депо: окна и полки разбиты, стекла обагрены кровью, пищеблок и операционная выведены из строя, хирургический инструмент уничтожен. Несмотря на большой объем ремонта, фронт требовал скорейшего отправления поезда. Жестянщик Ефим Иосифович Куршев восстановил разрушенный пищеблок, восстанавливались операционная и вагоны для раненых, литейщиками заново отливались буксы.

Однако, встала проблема с исковерканным медицинским оборудованием. Все попытки начальника военно-санитарного поезда достать в Новосибирске новое медицинское оборудование не увенчались успехом. Механик депо Алексей Авдеевич Вусик, несмотря на скепсис начальника поезда и хирурга, взялся отремонтировать оборудование и смог это сделать. Хирургические восстановленные инструменты при содействии брата Терещенко отникелировали в никелировочной мастерской Новосибирского локомотивного депо, в котором тот работал в подменном пункте.

Памятным для рабочих цеха по ремонту грузовых вагонов оказался ремонт вагона с боеприпасами зимой 1945 года.

По железной дороге шли воинские транспорты со спецгрузами – боеприпасами. Ни при каких обстоятельствах такой эшелон не должен был останавливаться или задерживаться. В начале 1945 года в Болотном произошел экстренный случай. Подошел спецэшелон, в одном из вагонов которого грелась букса. С таким опасным грузом состав следовать дальше не мог, вагон требовал отцепки. Терещенко вызвала по телефону Москва. С ним говорил заместитель начальника центрального управления вагонного хозяйства И. Т. Чередник. Он сказал, что отцепка вагона исключается и остается один выход: надо произвести подъем вагона с обеих концов, установив дополнительные домкраты, и заменить колесную пару. Руководить работой он поручил лично Терещенко и сказал, что через час состав должен покинуть станцию Болотная.

Терещенко подобрал самых опытных рабочих – И. Д. Анашкина и А. В. Полозенка. С поставленной задачей они справились, в течение часа колесная пара была заменена без отцепки вагона, и состав отправился в путь. Через неделю из Москвы позвонил начальник этого эшелона майор Степанов. Отметив, что транспорт довел благополучно и вовремя, он от себя и от имени командования фронта передал всем участвовавшим в ремонте большое спасибо.